MuTerminalはUTF8コードを利用して、多国語を扱うことができますが、そのMuTerminal上で動作するコマンドのうちいくつかは多国語に対応していません。
たとえば、BeOS標準のコマンドシェルであるbashはメタキーファンクション装備の関係上、7bit ASCIIしか通しません。このため
$ cat japan.utf8 | grep '日本語'
というコマンドをコマンドラインより入力することができません。上記のコマンドを実行する場合は、上記の内容をファイルに保存し、それをシェルスクリプトとして実行する、ということで対応するなどの工夫が必要です(grepなどは正規表現を使わないかぎり、UTF8コードなら正しく動作します)。
また、標準のページャーであるless (more)コマンドは8bit(ASCII, ISO-8859-1等)にしか対応していません。このため、
$ cat japan.utf8 | more
というコマンドで日本語を表示することはできません。